По общему правилу арбитраж администрирует Центральный аппарат Арбитражного центра (г. Москва). 

При этом стороны могут прямо договориться о том, что в организации третейского разбирательства будет участвовать одно из региональных отделений Арбитражного центра, которые созданы во всех федеральных округах Российской Федерации с офисами более чем в 40 городах от Южно-Сахалинска до Калининграда.

Чтобы отделение Арбитражного центра имело полномочия по приему документов от сторон арбитража, обеспечению коммуникации между ними и третейским судом, предоставлению помещений для проведения устных слушаний и т.д., в соответствии с ч. 9 ст. 9 Положения об Арбитражном центре в арбитражном соглашении должно быть прямо указано:

1. на конкретное региональное отделение Арбитражного центра; или
2. что спор подлежит разрешению третейским судом, сформированным исключительно из арбитров соответствующей территориальной коллегии.

Безотносительно указанной прямой договоренности в любом отделении можно получить общую информацию о деятельности Арбитражного центра при РСПП, консультацию по вопросам процедуры третейского разбирательства и приведения в исполнение арбитражного решения. Важной функцией отделений является также организация региональных конференций, круглых столов и других мероприятий по вопросам разрешения споров в арбитраже. 

Действуя самостоятельно в пределах своей компетенции, отделения Арбитражного центра при этом входят в единую систему органов Арбитражного центра, включающую Президиум, Комитет по назначениям, Председателя и центральный Аппарат. Указанная организационная структура и распределение полномочий между ее звеньями обеспечивает высокий уровень проведения третейских разбирательств, а также гарантии независимости и беспристрастности при разрешении споров.